Tiedetään, että tupakointi on merkittävä MS-taudin riskitekijä. Tupakoimattomuus ja tupakoinnin lopettaminen ovatkin osa MS-taudin hoitoa. Tupakointia ei siis kannata jatkaa sairastumisen jälkeenkään: tupakointia jatkavien taudin on todettu vahvaan näyttöön perustuen etenevän nopeammin kuin tupakoimattomien. MS-tauti etenee sitä nopeammin mitä pidempään potilas tupakoi.
Tupakointi saattaa isätä MS-taudin riskiä henkilöllä, jolla on myös muita taudin riskitekijöitä. Mitä enemmän henkilö polttaa tupakkaa, sitä suurempi riski on. Riski on suurin tupakoivilla miehillä. Sekä aktiivinen että passiivinen tupakointi voi vaikuttaa MS-taudin puhkeamiseen.
Säännöllinen tupakointi voi vaikeuttaa MS-taudin kulkua ja nopeuttaa sairauden etenemistä, erityisesti erilaisten liitännäissairauksien puhkeamisen alttiutena.
Tutkijat ovat maininneet useita syitä tupakoinnin MS-tautia pahentaville vaikutuksille. Niistä on toistaiseksi vain vähän laajaa tutkimusnäyttöä. On arveltu, että tupakointi huonontaa MS-tautia sairastavan elimistön puolustusjärjestelmää ja aiheuttaa autoimmuunireaktioita. Lisäksi tupakoinnin on epäilty vaikuttavan hermosäikeitä ympäröivän rasva-aine myeliinin vaurioitumiseen eli demyelinaatioon ja veri-aivoesteen häiriöihin.
Tutkimusnäyttö puhuu MS-tautia sairastavan säännöllisen tupakoinnin lopettamisen puolesta. Tupakointia ei siis suositella jatkettavaksi henkilön saatua MS-taudin diagnoosin. Tupakoinnin lopettaminen, ennen taudin alkamista tai sen jälkeen, vaikuttaa liittyvän hitaampaan MS-taudin etenemiseen.